Fylogeneze (z řec. fylé = kmen a genesis = zrození, původ) nebo také fylogenetický vývoj znamená vývoj druhů organismů. Fylogeneze je historický proces, který většinou nelze přímo pozorovat, ale musí se rekonstruovat na základě evoluční teorie. Protějškem fylogeneze je ontogeneze (morfogeneze), pravidelný vývoj jedince k dospělosti. Věda zkoumající fylogenezi se nazývá fylogenetika. Grafickým znázorněním vzájemných vztahů mezi skupinami organismů jsou fylogenetické stromy.
